Wilayah Yurisdiksi Pengadilan Tinggi Agama Jayapura

Sesuai dengan Keputusan Menteri Agama RI No. 95 tahun 1982 tanggal 28 Oktober 1982. Telah dibetuk 9 (Sembilan) Pengadilan Tingkat pertama yaitu : Pengadilan Agama Jayapura, Pengadilan Agama Sorong, Pengadilan Agama Biak, Pengadilan Agama Fakfak, Pengadilan Agama Manokwari, Pengadilan Agama Nabire, Pengadilan Agama Wamena, Pengadilan Agama Merauke dan Pengadilan Agama Serui.

Kemudian dengan surat Keputusan Presiden RI Nomor 145 Tahun 1998 telah ditetapkan Pembentukan Pengadilan Agama Sentani, Pengadilan Agama Mimika dan Pengadilan Agama Paniai, Sehingga Pengadilan Agama dalam wilayah hukum Pengadilan Tinggi Agama Jayapura berjumlah 12 Pengadilan Agama. Propinsi Irian Jaya Barat yang Ibukotanya Jayapura kemudian diganti menjadi Papua sesuai UU No. 21 Tahun 2001 tentang Otonomi Khusus Papua.

Pada tahun 2003 Papua dibagi menjadi dua provinsi oleh pemerintah Indonesia; bagian timur tetap memakai nama Papua sedangkan bagian baratnya menjadi Provinsi Irian Jaya Barat setahun kemudian menjadi Papua Barat. Propinsi Papua semula mewilayahi Sembilan daerah tingkat II, kota yaitu kota Jayapura, Biak, Serui, Nabire, Wamena, Merauke, Sentani, Mimika, dan  Paniai, kemudian Kabupaten Pemekaran adalah Yapen Waropen, Pegunungan Bintang, Yahukimo, Tolikara, Sarmi, Keerom, Bopen Digol, Mappi, dan Asmat.

Propinsi Papua Barat mewilayah Kabupaten, Kabupaten Manokwari sebagai Ibukota Propinsi, Kabupaten Sorong, Kabupaten Fakfak, sedangkan Kabupaten Pemekaran adalah Bintuni, Teluk Wondama, Kota Sorong, Raja Empat, Sorong Selatan dan Kaimana.

Yurisdiksi Pengadilan Tinggi Agama Jayapura